課程資訊
課程名稱
 系統與合成生物學
Systems and Synthetic Approaches to Biology 
開課學期
 101-2 
授課對象
 生命科學院  生命科學系  
授課教師
 黃筱鈞 
課號
 MCB7026 
課程識別碼
 B43 U1430 
班次
  
學分
 2 
全/半年
 半年 
必/選修
 必修 
上課時間
 星期四7,8,9(14:20~17:20) 
上課地點
 共306 
備註
 限學士班二年級以上
總人數上限：40人 
Ceiba 課程網頁
 http://ceiba.ntu.edu.tw/1012MCB7026 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
 核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程將介紹系統與合成生物學。所謂系統生物學定義為使用整合實驗與電腦模擬的方法來瞭解生物系統，而合成生物學為系統生物學之子領域，強調用由下而上(bottom-up)的方法來建構生物系統，可能用來瞭解自然界生物網絡設計的原理目的(design principles), 如何用最少元件達成生物功能(minimal system), 或製作完全人造具獨特功能的系統。本課程將教授進入此領域之基礎背景（包括基礎分生，微分方程，線性代數，機率, MATLAB等），該領域的方法學與研究發展，並提供學生電腦實作經驗。 

課程目標
 學生將具備進入此領域基礎知識與技能，瞭解如何使用系統與合成生物學的方法解決生物問題或創造生物系統。 
課程要求
 限大學部二年級以上
上課時間：週四3:20-5:10PM 
預期每週課後學習時數
  
Office Hours
 另約時間 備註： TA Q & A: Friday afternoons 
指定閱讀
  
參考書目
 An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits, by Uri Alon (Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational Biology), 2006. 
評量方式
(僅供參考)
  
No.
項目
百分比
說明
1. 
 作業 
20% 
  
2. 
 期中考 
20% 
  
3. 
 論文討論 
20% 
  
4. 
 期末計劃 
40% 
  
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
 2/21  Introduction to systems and synthetic biology 
第2週
 2/28  Holiday (note: 2/25, 3/4 and 3/11 joint course: "Dynamics in Systems Biology") 
第3週
 3/7  MCB, BioNumbers, network motif ODE for simple regulation 
第4週
 3/14  NAR (with 1 species) and PAR (stability analysis) (MATLAB I) 
第5週
 3/21  PAR (conti), stability analysis and toggle (MATLAB II) 
第6週
 3/28  oscillator and stochastic I (MATLAB III) 
第7週
 4/4  Spring break (discussion paper distributed) 
第8週
 4/11  Gillespie and extra stochastic (MATLAB IV) 
第9週
 4/18  Midterm exam 
第10週
 4/25  Guest lecture: Dr. Jie-Hong Roland Jiang 
第11週
 5/2  Area I: circuits 
第12週
 5/9  Area II: noise (note: Dr. Lani Wu's talk and lectures on 5/6, 5/8 and 5/9) 
第13週
 5/16  Area III: network & evolution 
第14週
 5/23  Area IV: quorum sensing/spatial patterning (note: Dr. Jian-Dong Huang's talk on 5/22) 
第15週
 5/30  Summarizing lecture 
第16週
 6/6  Student project presentation I 
第17週
 6/13  Student project presentation II